Kościółek ten powstał na początku XVII wieku. Wcześniej na tym miejscu znajdował się drewniany zbór ariański, zburzony podczas rozruchów antyprotestanckich w maju 1591 r. 18 października 1618 r. Wespezjan Piotrowski  ofiarował znajdującą się na miejscu dawnego zboru kamienicę karmelitom z Piasku, którzy chcąc posiadać siedzibę w mieście, przerobili ją na kościół filialny. Konsekracji świątyni pod wezwaniem świętego Tomasza  Apostoła dokonał biskup Tomasz Oborski24 września 1621 r. Nowy patron nie był wybrany przypadkowo - w dobie konrreformacji często zdarzało się, że w miejscach dawnych zborów powstawały kościoły lub kaplice, którym patronował św. Tomasz Apostoł. Karmelici opuścili to miejsce w 1787 r., prawdopodobnie po pożarze kościoła.Nowym gospodarzem kościoła i klasztoru od 1800 r. stały się kanoniczki, zajmujące się chorymi w pobliskim szpitalu św. Ducha. Zamieszkały w tym miejscu w 1851 r., nieco wcześniej w 1828 r. dokonano stosownych adnotacji urzędowych w księgach wieczystych przekazując kościół i przylegającą do niego od południa kamienicę mieszczącą klasztor na własność duchaczek. Kościół przeszedł gruntowną konserwację w 1963 r. Od 2018 znajdują się w nim doczesne szczątki Czcigodnej Służebnicy Bożej Siostry Emanueli