Wody Martwej Wisły oblewające Wyspę Sobieszewską od południa, tworzyły szeroki i długi akwen wodny zdecydowanie lepszy niż otwarte wody Zatoki Gdańskiej, dla komunikacji wodnosamolotów.
Dodatkowo, wydma wraz z porastającym ją lasem, tworzyła osłonę od wiejących tam wiatrów. To wszystko sprawiło, o przeniesieniu tego typu połączeń lotniczych, w stosunku do dużo bardziej uzależnionego od pogody Sopotu. Zawiązano wspólne zadanie utworzenia w Górkach Wschodnich (Östlich – Neufähr) portu do obsługi wodnosamolotów, gdzie udziałowcami byli Danziger Aero Lloyd (filia Deutsche Aero-Lloyd AG) oraz Nordische Flugreederei z Szwecji. Pierwszy lot na trasie z Gdańska do Sztokholmu zainaugurowano 5 czerwca 1925 r a obsługiwały tę trasę dwa samoloty typu Dornier Do J "Wal", do których mogło wsiąść 12 pasażerów. Podróż na trasie niecałych 700 km trwała 4 godziny. Loty wyglądały obiecująco i sezon zakończono z końcem września 1925 r.
Potem jednak przez dwa kolejne lata, lotów nie wznowiono aż w władze WMG podeszły do zadania bardziej ambitnie i z większymi celami, tworząc wszystko na nowo i budując budynek dla odpraw pasażerskich oraz przystań dla osób przybywających tu statkami z Gdańska czy Elbląga.
Niestety ambitne plany legły wobec rzeczywistych potrzeb czy też kalkulacji towarzystw lotniczych. Chciano port w Gdańsku podłączyć do linii z Szczecina do Helsinek ale ostatecznie do tego nie doszło. Tak więc w sezonie roku 1928 udało się jedynie utworzyć linię łączącą Gdańsk z szwedzkim Kalmarem. Łącznie było tych lotów 80 i przewieziono jedynie 197 pasażerów oraz 287 kg ładunku, co nie było wynikiem imponującym a wręcz słabym. To wszystko sprawiło, że do rozpoczęcia wojny nie udało się utworzyć żadnego stałego regularnego połączenia lotniczego, trwającego dłużej niż jeden sezon.
Pomiędzy 6 a 13 lipca 1932 r gościła w tym porcie lotniczym, największa ówcześnie "łódź latająca" Dornier Do-X o rejestracji D-1929. Ten olbrzymi jak na owe czasy samolot, wzbudzał wielkie poruszenie i na okres jego pobytu w mieście uruchomiono dodatkowe kursy statków płynących do Sobieszewa jak i połączeń autobusowych.
Wiosną 1945 r. na Wyspie Sobieszewskiej znalazły się ustępujące z okolic wojska niemieckie. Jako że z punktu widzenia taktycznego tereny te nie miały żadnego w praktyce znaczenia, nie prowadzono tu zaawansowanych działań wojennych, poza codziennym ostrzeliwaniem kilku pozycji zaś wyspę zajęto wraz z podpisaniem aktu kapitulacji Niemiec 9 maja 1945 r.

Po zakończonej wojnie obiekty dawnego portu lotniczego, zostały przekazane Instytutowi Medycyny Morskiej i Tropikalnej Akademii Medycznej w Gdańsku. Kiedy w roku 1955 Instytut Medycyny stał się samodzielną jednostką, obiekt znalazł się w użytkowaniu Akademii Medycznej zaś prowadzone tu badania (w latach 1958-1969) realizowało Gdańskie Towarzystwo Naukowe tworząc tu placówkę biologiczną.
W roku 1970 ośrodek przejęła nowo powstała placówka akademicka czyli Uniwersytet Gdański, który kontynuuje rozpoczęte wcześniej badania tworząc Stację Biologiczną UG.