Wystrój wnętrza kościoła utrzymany jest w stylu barokowym. W ołtarzu głównym mieści się obraz św. Katarzyny, namalowany przez Wł. Rossowskiego w 1892 roku, z fundacji ówczesnego proboszcza, ks. Michała Wawrzynowskiego. Obraz ten stanowi zasłonę dla grupy Ukrzyżowania, złożonej ze złoconych, barokowych figur Jezusa na krzyżu, Maryi i św. Jana. Drugą zasłoną ołtarza jest obraz Najświętszego Serca Pana Jezusa w widzeniu św. Małgorzaty Marii Alacogue.

Ołtarz wieńczy wizerunek św. Jakuba Apostoła, adorującego figurę Matki Bożej de Pilar, zaś boki ołtarza zdobią złocone figury aniołów.

Lewy ołtarz boczny (przy prezbiterium) nosi wezwanie Przemienienia Pańskiego. Pochodzi on z II poł. XVII w. i kryje w sobie obraz Przemienienia, przedstawiający Chrystusa wraz z Mojżeszem i Eliaszem oraz apostołami: Piotrem, Jakubem i Janem. Zasłona tego obrazu jest malowidło przedstawiające Ostatnią Wieczerzę (pędzla Jana Jerzyczka, malarza ściśle związanego z Kalwarią Zebrzydowską, gdzie wykonywał obrazy dla klasztoru). Ołtarz zdobią również figury Mojżesza i Eliasza, zaś w antepedium wprawiona jest tłoczona skóra - kurdyban, wg legendy przywieziony spod Wiednia przez Jana III Sobieskiego.

Zwieńczenie ołtarza stanowi Vemcon - wizerunek Prawdziwej Twarzy Chrystusa Pana (kopia z kolegiaty w Nowym Sączu), oraz gloria z okiem Opatrzności Bożej. Obok ołtarza znajduje się obraz Ukrzyżowania, zaś naprzeciwko - barokowa ambona ozdobiona postaciami Ewangelistów. Również z lewej strony kościoła, na ścianie nawy, umieszczony jest ołtarz z figurą św. Antoniego z Dzieciątkiem. Ołtarz zdobi obraz Matki Bożej Wniebowziętej, namalowany przez S. Bochyńskiego w 1899 roku oraz figury św. Teresy i św. Kunegundy (Kingi), z tego samego okresu.

Z prawej strony kościoła (przy prezbite rium) znajduje się ołtarz św. Józefa, kopia bogatego, barokowego ołtarza zniszczonego w pożarze w 1932 roku. Znajduje się w nim obraz św. Józefa, patrona Kościoła, małżonków, rzemieślników i rodzin. Obraz ten, namalowany w 1970 roku przez Czesława Lenczowskiego, jest dość nowoczesny i nietypowy - przedstawia Świętego w robotniczej bluzie, z kilkunastoletnim Jezusem u boku. Drugi obraz, umieszczony w tym ołtarzu, to wizerunek św. Agnieszki Męczennicy, również pędzla Cz. Lenczowskiego. Święta trzyma tu baranka, będącego symbolem Jej imienia (łac. agncs - baranek) oraz palmę - znak Jej męczeństwa. W głębi obrazu widnieje zarys Rzymu, tam bowiem wznosi się bazylika ku czci Świętej.

Obydwa te obrazy przysłaniają ukoronowaną figurę Matki Bożej Królowej. Ołtarz wieńczy obraz św. Anny z Maryją i św. Joachimem oraz postać św. Michała Archanioła, depczącego szatana.

Nieco dalej znajduje się ostatni już ołtarz, oświecony św. Mikołajowi, św. Barbarze i ŚW. Teresie. Obraz św. Barbary znajduje się w centralnej części ołtarza, i ma za zasłonę wizerunek św. Mikołaja. Poniżej, w miejscu, gdzie pierwotnie znajdowało się tabernakulum, mieści się obraz św. Tereski od Dzieciątka Jezus (1932).

W kaplicy Najświętszej Maryi Panny Różańcowej znajdował się początkowo obraz MB Różańcowej, później figura MB Niepokalanej, zaś od lat 80. XX w. - MB Nieustającej Pomocy. Po ostatnim remoncie figura MB Niepokalanej została przeniesiona do groty na zewnątrz kościoła, a w ołtarzu został obraz MB Nieustającej Pomocy. Ołtarz wieńczy wizerunek Wniebowzięcia NMP, zaś antepedium ozdabia rzeźba MB Różańcowej, wręczającej różańce św. św. Katarzynie Sieneńskiej i Dominikowi. W kaplicy tej w latach 50. XX w. odbywały się lekcje religii, zaś obecnie, w każdą środę, parafianie gromadzą się na nowennę do MB Nieustającej Pomocy. Odbywa się tu również (od 2003 roku) Wieczysta Adoracja Najświętszego Sakramentu.

W kościele uwagę zwraca chór muzyczny. Dzięki skomplikowanym pracom konserwatorskim odsłonięto umieszczone na balustradzie XVIII-wieczne zdobienia i malowidła, będące ilustracją do fragmentów psalmów. Miały one za zadanie wzbudzić pogardę dla wartości doczesnych i ulotnych. Balustrada podzielona jest na 7 pól. Pierwsze i ostatnie malowidło noszą podpisy: Panie przed Tobą wszelkie pragnienie moie, y wzdychanie moie nie jest tayne Tobie. W Psal. 37 oraz Me wchodź wsad zsługą twoim, albowiem nie każdy będzie usprawiedliwiony przed obliczem twoim. W P. 11.

Informacja za: