Obecna świątynia w najstarszych częściach została zbudowana około połowy XV stulecia, zapewne dzięki staraniom księdza Jana z Pniowa, archidiakona krakowskiego i proboszcza w Wojniczu. Budowla została spalona w 1772 roku, następnie kościół został odbudowany i przebudowany do 1773 roku dzięki staraniom księdza Jana Duwala. W 1914 roku roku budowla została ponownie zniszczona, w wyniku działań wojennych, do 1920 roku została odbudowana. W 1930 roku kościół został rozbudowany o nawy boczne oraz zakrystię od strony południowej według projektu Zdzisława Mączeńskiego. W latach 1958-1960 do świątyni od frontu została dostawiona niska wieża według projektu Antoniego Mazura, którą w latach 1997-2001 podwyższono i pokryto nowym hełmem według projektu architekta Otto Schiera. W 1465 roku biskup Jan Lutek z Brzezia podniósł wojnickie probostwo do godności prepozytury. Później świątynia w Wojniczu została podniesiona do rangi kolegiaty, co zostało potwierdzone na synodzie diecezji krakowskiej w 1621 roku. W 1786 roku, decyzją władz austriackich kolegiata została zniesiona.

Bogata historia obiektu na stronie