Już w XIV wieku, w Krzeszowicach zbudowano kościół drewniany p.w. św. Marcina z Tours, który należał do biskupów krakowskich. Został on potem przeniesiony na inne miejsce i powiększony w latach 1760-1783. Kościół ten nie zachował się do dzisiaj. Na jego miejsce z mecenatu Potockich powstał kościół obecnie istniejący.
Właściciel dóbr krzeszowickich hr. Artur Potocki ożeniony z Zofią z Branickich zamówił u paryskich architektów Perciera i Fontaine’a projekt kościoła, który jednak nie znalazł uznania. Zwrócił się z kolei z prośbą o projekt świątyni do berlińskiego architekta i malarza Karola Fryderyka Schinkla (1781-1841). Latem 1823 wysłał on do Krzeszowic swego ucznia Persiusa, który miał zapoznać się z warunkami w terenie. Po jego powrocie, Schinkel, w oparciu o poprzednie projekty Francuzów stworzył dzieło, które dzisiaj podziwiamy.
W dolnej części kościoła znajduje się grobowiec rodziny Potockich, a nad nim piękna, gotycka świątynia, która swoim wyglądem ma przybliżyć niebo modlącym się w niej wiernym.
Architekt – Schinkel odwiedził Krzeszowice w 1832 i zatwierdził plany budowy, a do jej realizacji wyznaczył berlińskiego architekta swego ucznia – Wilhelma Hofbauera. W trakcie budowy kościoła Potoccy przygotowali sobie na mauzoleum rodowe kaplicę w katedrze na Wawelu. Dlatego zrezygnowali wówczas z budowy jednego przęsła kościoła. I przez to obecnie istniejący kościół jest krótszy niż przewidywały to plany.

Budowa kościoła trwała od roku 1832 do 1844. Już w roku 1844 został po-święcony przez ks. proboszcza Trawińskiego i zaczęto w nim odprawiać Mszę św. W latach 1840-1850 pojawiły się drzwi, ołtarz główny i ołtarze w kaplicach, ambona, balaski kropielnice, stalle, ławki i konfesjonały. Prace przy dekoracji wnętrza ukończono w roku 1872, a w 1874 nastąpiła konsekracja kościoła przez biskupa Gałeckiego.

W roku 1936 rodzina Potockich przekazała budynek Kościołowi. I od tego czasu wnętrze kościoła zaczęło zmieniać swój wygląd. Założono witraże (przedtem była bezbarwna szyba w oknach), położono na ściany polichromię, zmieniono posadzkę, przebudowano prezbiterium, zmieniono blachę na dachu.
Od lat dziewięćdziesiątych odnowieniem i zabezpieczeniem kościoła kieruje Aleksander Piotrkowski. Odnowiono fasadę kościoła, jego wnętrze (wraz z wyposażeniem) i część balustrady na dachu. Wykonane zostało grawitacyjne wietrzenie kościoła. W wieży z dzwonami założono cztery nowe, dębowe okna, a dzwony na nowym zawieszeniu uruchomiono na prąd. W wieży zegarowej ruszył zegar o napędzie elektronicznym.

za :