Uczelnia powstała w 1920 roku jako Szkoła Morska w Tczewie z dwoma wydziałami – Nawigacyjnym i Mechanicznym. Absolwenci mieli uprawnienia, jakie dawały studia wyższe. Ze względu na trwającą wojnę polsko-bolszewicką zajęcia dydaktyczne zainaugurowano dopiero 8 grudnia (dzień ten obchodzony jest jako Święto Szkoły). W roku 1921 podniesiono banderę na pierwszej jednostce szkolnej STS Lwów.
21 VII 1928 Prezydent RP Ignacy Mościcki wmurował akt erekcyjny pod budowę kompleksu budynków szkoły w Gdyni.
W 1930 r. szkołę przeniesiono do Gdyni, do nowo wybudowanego kompleksu budynków przy ul. Morskiej. W tym samym roku Lwów został wymieniony na nowy szkolny żaglowiec – Dar Pomorza. W 1938 roku powstał Wydział Transportu i Administracji Morskiej. W czasie wojny szkoła prowadziła działalność w Anglii, w Southampton i Londynie.
Po wojnie wróciła do dawnej siedziby, jako szkoła średnia. W roku 1947 nazwę zmieniono na Państwowa Szkoła Morska. W 1954 roku na Wydziale Mechanicznym powołano klasę elektryków. W 1958 roku szkoła została przekształcona na pomaturalną szkołę techniczną z czterema wydziałami: Nawigacyjnym, Mechanicznym, Elektrycznym i Administracyjnym.
W 1968 r. połączono ją z Państwową Szkołą Rybołówstwa Morskiego nadając charakter wyższej uczelni technicznej oraz nazwę Wyższa Szkoła Morska w Gdyni. W 1982 roku do eksploatacji wszedł żaglowiec Dar Młodzieży, a w 2000 roku – statek szkoleniowo-badawczy MS Horyzont II.
W 2001 roku uczelnia otrzymała status akademii i nazwę Akademia Morska w Gdyni.