Neogotycką świątynię zlokalizowaną pomiędzy Polankami a ul. Leśną, zbudowano w latach 1913-20 (wg innych źródeł w latach 1909-1921) dla oliwskiej Gminy Ewangelickiej. Do tego czasu, od roku 1831 ewangelicy zajmowali kościół św. Jakuba. Przeprowadzka stała się koniecznością, gdy dla liczącej w początkach XX wieku prawie 3000 członków Gminy mury małego kościółka okazały się za ciasne. Na znak zwycięstwa nad Francją w 1870 roku nową świątynię nazwano Świątynią Pojednania. Po II wojnie światowej większość oliwskich ewangelików dobrowolnie lub przymusowo opuściła Gdańsk. Świątynię przy ul. Leśnej przejęli katolicy.

W tym czasie wrócili do Gdańska po prawie 150-letniej nieobecności cystersi, choć administracja pruska rozwiązała ich oliwski klasztor w 1831 roku. Tym razem przybyli nie z zachodniopomorskiego Kołbacza, ale ze Szczyrzyca w województwie małopolskim. Nie mogli objąć dawnej siedziby, którą zajęły Kuria Biskupia i Urząd Parafialny. Za pozwoleniem ks. bp Karola Marii Spletta oraz dzięki zezwoleniu władz Miasta Gdańska i władz duchownych Kościoła Ewangelickiego w Warszawie nowym klasztornym kościołem została ewangelicka Świątynia Pojednania. Gdy w maju 1945 roku kościół został poświęcony przez ks. Lubomirskiego, kanclerza oliwskiej Kurii Biskupiej, otrzymał nowe wezwanie: Matki Bożej Królowej Korony Polskiej. Cystersom udostępniono też budynek gminy luterańskiej przy ul. Polanki 131, wzniesiony w 1934 roku. Przed przybyciem mnichów, salę widowiskową w budynku gminy wykorzystywano jako kino religijne. Podczas wakacji w pokojach na piętrze mieszkali teolodzy ewangeliccy z Uniwersytetu w Berlinie. Tutaj znajdował się też urząd pobierający podatek kościelny. W kwietniu 1945 roku pierwsi ojcowie dotarli do Oliwy w i zamieszkali tymczasowo przy ul. Wita Stwosza 32. Choć ostatni luterański pastor został przed ich przybyciem wysiedlony, dom parafialny Polankach zajmowały władze wojskowe ZSSR.

Dziś świątynię uważa się za jedną z najbardziej udanych realizacji neogotyckich na Pomorzu. Autorem projektu był prof. August Wagner z Politechniki Gdańskiej.
Najbardziej charakterystycznym elementem smukłej bryły jest wysmukła wieża o wysokości ponad 65 m. Do roku 1956 wieżę wieńczył krzyż odpowiadający wielkością hełmowi, ale strąciła go wichura W trzynawowym wnętrzu świątyni, przykrytym sklepieniem sieciowym, dominuje wyposażenie neogotyckie i współczesne. Prawdopodobnie z XVIII wieku pochodzi umieszczone w ołtarzu głównym podwójny obraz z Madonną i Chrystusem niosącym krzyż – jest to feretron (czyli przenośny obraz, używany w czasie procesji) z katedry oliwskiej. Na ten sam okres datowany jest krucyfiks w prawej nawie bocznej.

W 1971 roku na mocy ustawy sejmowej i porozumienia z Kurią Biskupią kościół i dom zakonny przeszły na własność cystersów, jako filia opactwa ze Szczyrzyca. Do 1988 roku był kościołem rektorskim parafii katedralnej, potem już samodzielną parafią.