Kościół znajduje się w północno-zachodniej części miasta. Erekcja parafii w Goraju nastąpiła w 1379 r. Parafia obejmowała m.in. folwark (217 mórg), szkołę parafialną, szpital dla ubogich, bibliotekę parafialną.

Do XVIII w. trzy kolejne kościoły w Goraju były drewniane. Pierwszy, z 1379 r., istniał do XVI w., drugi został zniszczony podczas potopu szwedzkiego w XVII w., zaś ostatni, drewniany, spłonął w 1780 r.

Obecny kościół wybudowano w latach 1779-1782 z fundacji profesora Akademii Zamojskiej i proboszcza gorajskiego. Pożary nawiedziły kościół w 1795 i 1923, remonty i malowanie przeprowadzono w 1928 oraz 1964 r., odbudowę wieżyczki w 1949 r. Malowidła wewnątrz kościoła odnowiono po II wojnie na podstawie wzorów z 1928 r. Autorem renowacji był Marian Pecka z Goraja (1964), malowideł prawdopodobnie Czesław Kiełbiński (1928?).

Kościół utrzymany jest w stylu barokowym, murowany otynkowany, jednonawowy.