Pod koniec XVIII w. na terenie Sobowidza przeważali ewangelicy. Dla nich też wzniesiono w 1778 r. dwupoziomową świątynię. Stopniowo jednak liczba katolików rosła, a wspólnota protestancka przez jakiś czas pozostawała nawet bez pastora. W 1837 r. grożący zawaleniem budynek kościoła rozebrano.

W 1843 r. oddano do użytku nową świątynię, ale błędy projektowe i konstrukcyjne sprawiły, że w 1864 r. kościół musiał zostać przebudowany. W 1898 r. dobudowano absydę, zakrystię i wieżę, zamontowano nowe dzwony i dzięki donacji cesarskiej uzupełniono wyposażenie, w 1912 r. zamontowano zegar wieżowy (kościół należał wciąż do luteran).

W okresie międzywojennym Sobowidz należał do Wolnego Miasta Gdańska, zaś od granicy z Polską dzieliły go tylko 2 km. Po wojnie utworzono przy świątyni parafię katolicką.