Pierwszy kościół drewniany wybudował w Lipiu dla ojców franciszkanów miejscowy dziedzic Jan Lipski. Wznoszono go w latach 1598-1599. Parafię w 1601 roku erygował biskup Jan Tarnowski z części parafii Błędów. Wkrótce po opuszczeniu Lipia przez franciszkanów, wspomniany kościół przejęli karmelici, ale i oni opuścili Lipie już w 1601 roku. W 1605 roku sprowadzeni zostali do Lipia karmelici trzewiczkowi, którzy objęli obowiązki parafialne. W 1613 roku brat zmarłego fundatora sprowadził z Warszawy siostry brygidki i wybudował dla nich kaplice oraz klasztor. Brygidki były w Lipiu do 1622 roku, po czym bez zezwolenia biskupiego wyprowadziły się i osiedliły się na zakupionych gruntach nazywając je Nowolipiem i Nowolipkami.
Kościół pod wezwaniem Trójcy Przenajświętszej zbudowano w stylu romańskim po 1655 roku. W 1915 spaliły go wojska rosyjskie. Odbudowa zakończyła się w 1918 roku, ale pięć lat później ponownie spłonął rażony piorunem. Restaurowano go w latach 1924-1931 w stylu późnorenesansowym.