Neogotycka świątynia powstała w latach 50. XIX wieku na miejscu poprzedniego kościoła zniszczonego w roku 1821. Jako budulec posłużył kamień polny oraz cegła, a charakterystycznym elementem architektury jest brak wieży kościelnej. Zamiast niej po obu stronach kościoła występują ceglane, schodkowe szczyty. W świątyni jest prosty, drewniany strop, zdobiony w wielobarwne wzory, natomiast w prezbiterium występuje sklepienie żebrowe. Posadzka i chór, na który można wejść schodami znajdującymi się po obu stronach nawy, są także drewniane. Parafia pozostawała pod patronatem rządu pruskiego, który od 1860 r. wprowadził obowiązek odprawiania nabożeństw w języku niemieckim.
Po zakończeniu I wojny światowej wieś została włączona do Rzeczypospolitej. Po II wojnie światowej świątynia została przejęta przez polski kościół ewangelicko-augsburski. W 2005 roku parafia św. Wojciecha odkupiła od gminy ewangelicko-augsburskiej kościół w Burkacie, od tego czasu stała się kościołem filialnym parafii Św. Wojciecha w Działdowie.
1 sierpnia 2013 roku erygowano nową parafię w Diecezji Toruńskiej, która działa na obszarze wydzielonym z parafii Św. Wojciecha. Objęła swym zasięgiem Burkat, Klęczkowo, Filice, Krasnołąka, Pożary i Wilamowo.