Stacja osobowo - towarowa Krotoszyn powstała w roku 1875, wraz z budową prywatnej linii kolejowej Oleśnica - Gniezno.
Po 13 latach, w wyniku wybudowania linii Leszno - Ostrów, uzyskała rangę stacji węzłowej. Rozbudowano obiekty stacyjne (dworzec, perony, parowozownię).
Przebudowę infrastruktury stacyjnej przeprowadzono w 1905 roku (?). Spowodowała ją konieczność wydłużenia torów stacyjnych. Skutkiem czego wybudowano w innym miejscu wyjazd w kierunku Leszna.
Powstały wtedy nowe perony z przejściem podziemnym.
Kolejną przebudowę przeprowadzono w 1912 roku, w związku z przygotowaniami wojennymi.
Na początku września 1939 roku w okolicach stacji ostrzał stanowisk artylerii niemieckiej prowadził pociąg pancerny Poznańczyk. Po jego wycofaniu saperzy zniszczyli infrastrukturę kolejową, zrywając tory kolejowe i wysadzając okoliczne wiadukty i mostki.
W czasie okupacji wybudowano nasyp z dwutorową obwodnicą na odcinku Durzyn - Osusz (linia kolejowa nr 14 omija stację, z którą ma połączenie poprzez dwie łącznice nr 815 i 816).
W latach powojennych przebudowano dworzec kolejowy, na bazie lokomotywowni utworzono rozbudowaną wagonownię (aktualnie przedsiębiorstwo prywatne). W roku 1986 zainstalowano trakcję elektryczną na stacji i liniach w kierunku Milicza, Ostrowa i Jarocina.