Kościół powstał na potrzeby klasztoru Zgromadzenia Sióstr Najświętszego Serca Jezusa w  Zbylitowskiej Górze. Poważnie ucierpiał podczas ostrzału artyleryjskiego w 1915 r. Od 1939 r. dom Sióstr był zamieniony na szpital, najpierw polski, później niemiecki, a kościół został zamknięty; czynna była tylko kaplica Sióstr. Po wojnie uruchomiono zakłady wychowawcze prowadzone przez Siostry, ale już w 1948 r. zlikwidowano je i utworzono najpierw Państwową Szkołę Rolniczą, a potem w Technikum Mechanizacji Rolnictwa (1959), przekształcone od kilku lat w Zespół Szkół Agrotechnicznych i Samochodowych w Tarnowie. Po zlikwidowaniu Szkoły prowadzonej przez Siostry, kościół został udostępniony wiernym na nabożeństwa w niedziele i święta, i w ten sposób stał się ośrodkiem duszpasterskim. Obecnie kościół parafii św. Stanisława Kostki w Zbylitowskiej Górze -