W roku 1930 rozpoczęto pierwsze prace i początkowo były one związane z osuszeniem terenu, ponieważ świątynia miała stanąć w pobliżu dawnego koryta rzeczki Polkówka. Projektantem kościoła był architekt Łukasz Wolski. W czasie walk w 1944 r. w podziemiach kościoła znajdował się szpital powstańczy. Podczas walk o Żoliborz kościół został częściowo zniszczony. Po zakończeniu II wojny światowej wznowiono prace budowlane. Opracowano nowy projekt, którego autorem był Edgar Nortwerth. 7 kwietnia 1963 r. kościół został konsekrowany przez kardynała Stefana Wyszyńskiego.
W 1980 r. swoją posługę w parafii rozpoczął ksiądz Jerzy Popiełuszko, który od października 1980 r. raz w miesiącu wraz z innymi duchownymi z inicjatywy proboszcza parafii odprawiał w kościele Msze za Ojczyznę. W latach 1982-1983 r. msze te stały się manifestacjami patriotycznymi i ściągały tłumy ludzi nie tylko z Warszawy, ale i z całej Polski

Kościół ten, to monumentalna dwuwieżowa świątynia zbudowana w stylu modernistycznym z elementami neoromańskimi. Zamysł architekta projektującego obiekt polegał na próbie połączenia w konstrukcji kościoła współczesnej architektury z formami tradycji bazylik wczesnochrześcijańskich. Wnętrze kościoła jest trzynawowe, z dwiema dużymi kaplicami. Wokół prezbiterium znajduje się obejście, a nad ołtarzem głównym baldachim.
W 2000 r. dokonano prac remontowych w kościele oraz przebudowano prezbiterium.
Na podst. um.warszawa.pl