... 5 sierpnia 1789 roku klasztor i kościół po Bernardynkach przejęli Bernardyni. Zostali usunięci ze swego klasztoru dekretem cesarskim wydanym 20 maja 1789 roku.
W nowym miejscu Bernardyni nie czuli się w pełni gospodarzami tych obiektów, a to dlatego, że również i ten klasztor wraz z kościołem były objęte projektem adaptacji na seminarium duchowne dla diecezji tarnowskiej. Kiedy w 1794 roku projekt adaptacyjny Franciszka von Grottgera został odrzucony przez władze austriackie, wówczas częściowo znikło zagrożenie, a bernardyni mogli poczuć się pewniej. Ponadto klasztor został poddany jurysdykcji komisarza do spraw religijnych we Lwowie. Dopiero w 1826 roku na kapitule prowincjalnej w Leżajsku, klasztor tarnowski został na stałe włączony do prowincji galicyjskiej. Od tego czasu zniknęły niepewności i ustabilizowała się sytuacja tego klasztoru.
Budynki, do których wprowadzili się bernardyni nie były zamieszkałe przez sześć lat. Kościół tylko częściowo był wewnętrznie wyposażony. Zatem, obiekty te domagały się przeprowadzenia poważnych remontów i adaptacji takich, aby w klasztorze można było zamieszkać, a w kościele prowadzić działalność duszpasterską. Wprawdzie od początku XIX wieku zmalały naciski władz zaborczych, ale pojawiły się inne nieprzewidziane przeszkody, które utrudniały i opóźniały zaplanowane renowacje. W 1809 r. i w 1815 r. wybuchły pożary, które spowodowały częściowe zniszczenia kościoła i klasztoru. Czas remontu przedłużał się też dlatego, że brakowało funduszy (ograniczone dochody własne klasztoru, nikłe przydziały Funduszu Religijnego, ubóstwo okolicznej ludności wspomagającej prace składkami, a także brak zasobnych dobrodziejów). Remonty tych obiektów były prowadzone równolegle z pracami adaptacyjnymi poprzedniego kościoła i klasztoru, gdzie m. in. po zniszczeniu dwóch skrzydeł klasztoru przedłużono ku wschodowi ulicę (obecnie: Bernardyńska). Kościół pozbawiając dotychczasowego wyglądu sakralnego, zamieniono na trzykondygnacyjny budynek z przeznaczeniem na użytek miasta...