Zakład Karny w Zamościu istnieje od 1906r., kiedy to został otwarty jako więzienie carskie. Składał się z dwu sąsiadujących ze sobą budynków administracyjnych oraz usytuowanego za nimi, na planie litery T, budynku koszarowego. Całość otoczono murem o wysokości 4,2 m.
W okresie międzywojennym zakład funkcjonował jako więzienie karno-śledcze, a od wiosny 1940r. do lipca 1944r., jako Niemiecki Zakład Karny. W 1942r. utworzono tu oddział więzienia ciężkiego, przez które przeszło ok. 20 tys. osób.
W czasach stalinowskich, w Zakładzie Karnym w Zamościu, wykonywano wyroki śmierci.
Współcześnie zakład został rozbudowany. Połączono łącznikiem budynki administracyjne w jedną całość i rozbudowano część koszarową tak, że obecnie usytuowana ona jest na planie litery H. Następnie wybudowano budynek warsztatowy, garaże oraz budynek gospodarczy, w którym znajdują się m. in.: magazyny, kuchnia i pralnia. Zagospodarowano także całkowicie podpiwniczoną część budynku koszarowego, tworząc cały kompleks pomieszczeń służących realizacji zajęć kulturalno-oświatowych, w którym znajdują się m. in.: łaźnia dla osadzonych, świetlica, radiowęzeł, biblioteka, pracownia plastyczna, introligatornia, sala ćwiczeń fizycznych, sala komputerowa oraz inne pomieszczenia przeznaczone na zajęcia np. klubu pracy czy Anonimowych Alkoholików. Znajdują się tu także dwie kaplice, rzymskokatolicka i prawosławna. W grudniu 2005r. oddano do użytku odział zewnętrzny o pojemności 211 miejsc zakwaterowania.
Funkcjonujący pierwotnie jako areszt śledczy, a następnie przeznaczony dla skazanych recydywistów penitencjarnych, obecnie Zakład Karny w Zamościu jest jednostką, przeznaczoną dla mężczyzn odbywających karę pozbawienia wolności po raz pierwszy, w tym młodocianych. W zakładzie, mogą przebywać skazani skierowani do zakładu typu zamkniętego, a także półotwartego - w oddziale zewnętrznym. Zakład dysponuje także oddziałem dla tymczasowo aresztowanych oraz dwoma oddziałami terapeutycznym dla skazanych uzależnionych od alkoholu, z których jeden przeznaczony jest dla skazanych zakwalifikowanych do zakładu karnego zamkniętego, a drugi, usytuowany w budynku oddziału zewnętrznego, dla skazanych zakwalifikowanych do zakładu półotwartego. Ogólna pojemność jednostki wynosi 495 miejsc zakwaterowania. Za