Kościół wzniesiony w latach 1903-1904 w stylu neogotyckim jako kościół kalwiński. Od 1921 roku użytkowany przez polskich ewangelików, od 1945 roku przez polską gminę ewangelicko-augsburską.
We wnętrzu znajduje się jedyny zachowany element wyposażenia pochodzący z rozebranego zboru ewangelickiego św. Trójcy - obraz Adoracji Baranka Apokaliptycznego z lat 30. XVIII wieku. Znajduje się obecnie na bocznej ścianie Kościoła.
Niekorzystne usytuowanie Kościoła na terenie po fosie miejskiej i nad korytem Strugi Toruńskiej, powoduje częste zawilgocenie murów świątyni.
Ewangelicko-augsburska parafia św. Szczepana powstała w 1921 roku przy ul. Strumykowej 10 w dawnej kaplicy staroluterańskiej; wtedy była drugą w Polsce po parafii poznańskiej. Po II wojnie światowej ewangelicy mieli objąć obecny Kościół Ducha Św., ale ostatecznie trafił on do Jezuitów; protestanci otrzymali obecny kościół św. Szczepana.

Źródło: