Bieg strugi, w okresie kilku ostatnich wieków, uległ daleko idącym zmianom wskutek gospodarczej działalności człowieka. Struga ta do XIII w. uchodziła wyłącznie do rzeki Drwęcy, potem Krzyżacy dokonali rozdziału wód Strugi Toruńskiej, część kierując wykonanym przez siebie sztucznym kanałem do Torunia. Doprowadzona w ten sposób woda do miasta zasilała fosy zamkowe, umożliwiała pracę młynom miejskim i browarom.



Historia powstania Baszki, niegdyś nazywanej Postolsk (w języku niemieckim Bostoltz), Postolec i Mokra, sięga roku 1262, kiedy to mieszczanie toruńscy odstąpili Zakonowi część strumienia Postolsk, co mogło się wiązać z rozprzestrzenieniem terenów zamkowych w stronę dzisiejszej ulicy Podmurnej. Zakon Krzyżacki, dysponując niesamowitym nakładem sił, wybudował sztuczny kanał, którym została doprowadzona do Torunia - Struga Wieldządzka. Struga ta bierze początek z jeziora Wieldządz, koło Wąbrzeźna i do wieku XIII uchodziła wyłącznie do Drwęcy. Państwo Zakonne potrzebowało potoku, który by napędzał miejskie młyny, zasilał w wodę browary i napełniał zamkową fosę. Pod Grębocinem potok płynący z Wieldządza rozdzielony został na Strugę Lubicką, inaczej zwaną Wilczą Strugą (uchodzącą swym pierwotnym korytem przez Bielawy, dalej pod Lubiczem, aż do Drwęcy) i Strugę Toruńską, uchodzącą do Wisły dwoma nitkami. W granicach Torunia Struga wpada do stawu zwanego „Kaszownikiem”, a dalej płynie krytymi kanałami pod miastem. Jej długośc wynosi 51,5 km, a jej wody zasilają jeziora Płużnickiem Wieczko i Mlewieckie.



Początkowo struga płynęła otwartym korytem wykonanym z drewna, na niektórych odcinkach przykrytym balami, umożliwiającymi przejazd. Jednakże taki stan był bardzo uciążliwy, ponieważ otwarte koryto powodowało podmywanie i zapadanie się bruku, a co za tym idzie konieczność ciągłych napraw. Drewniane koryta, również nie należały do szczególnie trwałych. Najistotniejszy jednak problem stanowiły nieczystości odprowadzane przez Strugę z miasta aż do połowy XIX wieku. Hamowały one regularny odpływ wody, a często zalegając zatruwały powietrze . W roku 1864 po raz pierwszy podjęto rozmowy na temat skanalizowania Strugi Toruńskiej. Dopiero jednak w latach 1880-1881 wprowadzono w życie projekt, polegający na likwidacji starego układu fos i przykryciu kanału strugi nowopoprowadzonymi ulicami Strumykową i Przedzamcze, które można oglądać w takim kształcie do dnia dzisiejszego.



W tym czasie rozebrano również most łączący Stare i Nowe Miasto, które zaczęły funkcjonować jako integralna całość.



Do czasu II Wojny Światowej funkcjonował jeszcze Zamkowy Duży młyn napędzany Strugą Toruńską, a do 1965 młyn Zamkowy Mały. Obecnie w odrestaurowanych murach młyna znajduje się hotel czterogwiazdkowy o nazwie „1231”, który okala Struga Toruńska, tworząc malownicze kaskady wodne.



Struga Toruńska ma obecnie na całej długości naprawione i uszczelnione koryto. W 2007 roku nastąpiło również odsłonięcie fragmentu koryta Bachy przy ul. Przedzamcze. Bachę można również zobaczyć w specjalnie przygotowanym w tym celu „oknie” w podłodze jednego z lokali gastronomicznych na ulicy „Most Pauliński”, o nazwie „Pierogarnia”.