Budynek kościoła położonego nad Motławą jest niewielki, zbudowany na planie prostokąta z dwuspadowym dachem. W oknach znajdują się witraże, a na przedłużeniu elewacji kwadratowa wieża, o konstrukcji szkieletowej, takiej samej jak cała budowla. Na wieży znajduje się dzwon z 1847 roku, który jest odlany z poprzedniego, przetopionego dzwonu z 1591 roku. Widnieje na nim inskrypcja: „Soli Deo Gloria” – „Tylko Bogu Chwała”. Od strony południowej dobudowano niewielką kruchtę. W ołtarzu głównym cztery skrzydła pochodzące z 1591 roku darowane przez Urszulę Scheweke z domu Wennenpfennig wykonane ok. 1500 roku przez malarza niderlandzkiego, które podczas wojny przechowywał u siebie jeden z mieszkańców Wróblewa. Zachowały się do dzisiaj, od 1967 roku znajdują się w Muzeum Narodowym w Gdańsku. W 2009 roku kopie czterech tablic wykonanych w ramach projektu "Malowane skrzydła Wróblewa" zostały umieszczone w miejscu oryginalnych.