Szpital Św.. Elżbiety (St. Elisabeth-Hospital), powstał na Starym Mieście przy ul. Elżbietańskiej w oparciu o istniejący wcześniej Dwór Ubogich (Elendenhof), z fundacja gildii ubogich (Elendengilde). Początkowo zarządzany był przez szpitalnika podległego władzy Zakonu Krzyżackiego a po roku 1454 podlegał bezpośrednio Miastu. Był jednym z bogatszych gdańskich szpitali. Niestety w 1. poł. XVI w. w wyniku działań ówczesnych szpitalników, powstały nadużycia które wywołały kryzys finansów placówki. W 1546 Rada Miejska ustanowiła wspólny zarząd wraz z szpitalem św. Ducha ). W 1554, w wyniku budowy nowoczesnych obwałowań obronnych miasta, część parceli szpitalnych przejęło miasto, burząc niektóre najdalej na zach. wysunięte zabudowania.W 1618 roku, w wyniku fatalnego stanu zabudowań szpitalnych zdecydowano o rozbiórce i w to miejsce wzniesiono nowy kompleks wzdłuż ul. Elżbietańskiej. W 1752 szpital spłonął lecz już w latach 1753-54 zostal odbudowany wg projektu Krzysztofa Strzyckiego.
W 1844 budynki szpitalne i kościół wykupiła od fundacji szpitalnej, administracja wojskowa, urządzając w budynku szpitala, biuro garnizonowego sądu wojskowego i areszt.
W 1945 spaliły się dawne budynki szpitalne.
21 XII 1946 przekazane zostały (wraz z kościołem św. Elżbiety, Stowarzyszeniu Apostolstwa Katolickiego (OO Pallotyni).
Dawny szpital odbudowano 1956–58 jako dom zakonny.