Za oficjalny początek istnienia Jabłonowskiej Kolei Wąskotorowej uznaje się rok 1896, kiedy to inżynierowie wraz ze sponsorującymi ich pomysły bogatszymi mieszkańcami stolicy stworzyli projekt budowy nowatorskiej jak na tamte czasy kolei. Inwestycja ruszyła już po trzech latach od przedstawienia pomysłu i rozpoczęło się układanie pierwszych szyn kolejowych. Kolejka rozpoczęła swą pracę zaledwie rok później, bo w 1900 roku . Jednocześnie trwały intensywne prace nad rozbudową trakcji. W 1908 roku przejazd kolejką możliwy był do Grochowa, a nawet do Starej Miłosny, a ostatnią stację Karczew ukończono w 1914 roku. Od tamtej pory można było szybko jak na tamte czasy i bez zbytecznych utrudnień przewieźć różnego rodzaju towary do stolicy. Liczący sobie blisko siedemnastokilometrowy odcinek z Jabłonny do Warszawy składy pokonywały w około 45 minut i jak na tamte czasy było to zadowalające połączenie. Ale wraz z rozwojem stolicy, powstał problem związany z obecnością kolejki na terenie miasta i często dochodziło do sytuacji, kiedy to wagony kolejki obcierały się, a czasem nawet zderzały z samochodami, których było coraz więcej. Przejeżdżające pociągi powodowały duży hałas, przeszkadzający mieszkańcom Warszawy. Powstał więc pomysł elektryfikacji kolei, który miał przynajmniej w zadowalającym stopniu naprawić kryzysową sytuację i doprowadzić do kompromisu.
II wojna światowa wywarła duży wpływ na działanie kolejki. 7 września 1939 roku pociągi zaprzestały kursowania z powodu trudnej sytuacji, by po niecałym miesiącu został wznowiony przez nazistów. Kolejny przestój w kursowaniu to czas Powstania Warszawskiego. Po zakończeniu wojny, w 1945 roku Kolej Jabłonowska po raz kolejny, tym razem na dobre wznowiła swoją działalność. Nie cieszyła się już ona jednak tak dużą popularnością jak przed wybuchem wojny. Liczba pasażerów, którzy korzystali z trasy zmniejszyła się blisko o 75 procent, co wpłynęło na sytuację kolei. Już w 1956 roku zamknięto część trasy kolei, pozostawiając jedynie odcinek trasy pomiędzy Otwockiem a Karczewem. Był to początek końca trakcji, która po pięciu latach, w 1961 roku całkowicie zakończyła swoją działalność.
W dniach dzisiejszych jedynymi pozostałościami kolei są zachowane stacje, m.in. w Wawrze, Falenicy i Karczewie, oraz most na rzece Świder, który obecnie użytkowany jest jako most drogowy.