Murowaną świątynię na centralnym placu twierdzy wzniesiono na planie krzyża, z jedną kopułą, która wznosiła się na wysokość 41 m, a wraz z krzyżem miała 47 m. Na wejściem usytuowano dzwonnicę, na której zawieszono sześć dzwonów. Ogrodzenie z kutego żelaza wmurowano w betonowe słupy i wraz z trzema bramami otaczało ono budynek. Cerkiew posiadała jeden ołtarz główny i dwa boczne i mieściła siedemset osób. Budulec w postaci granitowych bloków przywieziono z kamieniołomu w Janowej Dolinie na Wołyniu. Cerkiew Narodzenia św. Jana Chrzciciela należała do zabudowań Twierdzy w Dęblinie. Budynek poświęcono w 1849 r. , od 1890 r. pod zarządem wojskowym. Po przejęciu Dęblina przez administrację polską przemianowana na kościół katolicki pod wezwaniem św. Michała Archanioła będący siedzibą parafii ordynariatu polowego od 1927 roku. Po wojnie służyła jako magazyn. W 1964 r. przystąpiono do rozbiórki cerkwi z przeznaczeniem materiału na budowę szkoły podstawowej nr 5. Latem 1968 roku rozbiórkę cerkwi zakończono, pozostawiając jedynie fundamenty.