Kompleks budynków kolegium jezuickiego wzniesiono w latach 1700-1707 na parceli sąsiadującej, od strony zachodniej, z kościołem św. Jana. Projekt założenia opracował Jan Jerzy Knoll, a fundatorem przedsięwzięcia był cesarski generał Jan Ernest von Sprintzenstein wraz z małżonką Eleonorą.

Budowa kolegium od zarania miała wyrażać potęgę kościoła katolickiego. Stąd w pomieszczeniach kolegium powstał monumentalny wystrój rzeźbiarski propagujący ideę zwycięskiego katolicyzmu. Korytarz na parterze ozdobiono rzeźbami przedstawiającymi: św. Ignacego Loyolę i Franciszka Ksawerego , figurę Chrystusa, św. Józefa, św. Jana Chrzciciela i Jana Nepomucena. Natomiast ściany biegów schodów ozdobiono zespołem wielkich narracyjnych rzeźb. Płaskorzeźby ilustrują działalność misyjną Towarzystwa Jezusowego oraz tematykę zaczerpniętą z Nowego Testamentu.. Rzeźby są wykonane z białego polerowanego stiuku imitującego marmur. Cały zespół jest prawdopodobnie dziełem zespołu wędrownych sztukatorów przybyłych z Włoch. Od 1949 r. obiekt stanowi siedzibę oo. franciszkanów.



W latach 1945-47 parafią administrował ks. Tadeusz Łączyński, który przez pewien czas był jedynym polskim kapłanem w tym mieście. W roku 1947 klasztor, kościół i parafię legnicką przejęli franciszkanie z Prowincji św. Antoniego i bł. Jakuba Strzemię.



Po roku 1953, klasztor legnicki przez kilka lat był domem nowicjackim, a od roku 1957 siedzibą Niższego Seminarium Duchownego. 8 marca 1966 r. w wyniku pożaru klasztor został zniszczony, a kościół częściowo uszkodzony. W kościele spalił się hełm jednej wieży oraz roztopiły się dzwony. W latach następnych szkody te zostały naprawione. Najszybciej odnowiono część pomieszczeń seminaryjnych, dbając o to, by seminarium nie przerwało swoich zajęć i pracy.



Na przełomie lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych odbudowano wieżę kościelną z hełmem i zakupiono nowe dzwony. Pod koniec lat siedemdziesiątych odmalowano wnętrze kościoła, a w latach osiemdziesiątych dokonano naprawy dachu kościelnego i pokryto go miedzianą blachą. W końcu lat osiemdziesiątych przebudowano strychy klasztoru i adaptowano je na pomieszczenia seminaryjne oraz na mieszkania dla seminarzystów.