W 1679 roku w Opolu wybuchła epidemia dżumy. Uważa się, że przyniósł ją nieznajomy wędrowiec, który zatrzymał się na noc w pobliskiej gospodzie. Jeszcze w tym samym roku zmarła na zarazę blisko połowa mieszkańców. Ci, którzy przeżyli, postanowili w podzięce za ocalenie, wybudować fundację wotywną i poświęcić ją Św. Sebastianowi, który jest patronem chorych na choroby zakaźne.
Inna wersja legendy mówi, że ocaleli z choroby jedynie ci, którzy schronili się w gospodzie i stąd pomysł, aby wybudować kościółek na miejscu karczmy. Ponoć do dzisiaj istnieją pod kościołem rozległe piwnice.
Budowa kaplicy kościoła.
Budowa trwała od 1681 do 1711. Najprawdopodobniej przyczyną opóźnienia w budowie były liczne pożary które nawiedzały miasto. Dopiero w roku 1720 kaplica została konsekrowana. Patronami zostali św. Sebastian, św. Karol Boromeusz, św. Franciszek Xawery, św. Roch i św. Rozalia.
Kościółek, pomimo iż barokowy, jest skromny, salowy, jako jeden z nielicznych nie jest orientowany (czyli nie stoi zwrócony na osi wschód-zachód lecz północ-południe). Prawdopodobnie jest to spowodowane kształtem działki na której stoi.
Wewnątrz znajdują się drewniany ołtarz i ambona z XVIII wieku oraz organy z nieistniejącego już kościoła jezuitów, który spłonął w 1682 roku. Zostały zbudowane w 1714 przez brzeskiego organmistrza Fryderyka Wilhelma Schefflera. Kiedy w 1681 wygasła już epidemia, do Piekar Śląskich wyruszyła pielgrzymka dziękczynna. Mieszkańcy podarowali sanktuarium 29 srebrnych tablic wotywnych.
Święty Sebastian przebity strzałami.
W 1813 kościół służył na szpital wojskowy a potem magazyn. Poddawany był bardzo licznym remontom w 1756, 1771, 1842, 1899 i 1909. W 1838 wymieniono dach, który został pokryty gontem a w roku 1842 dachówką. W tym samym roku również wieża zyskała nowy wygląd, pokryto ją miedzianą blachą a na jej szczycie umieszczono austriackiego orła. Otynkowano również ściany. Natomiast w roku 1932 kościół gruntownie przebudowano, pod kierunkiem architekta Jana Ehla. Nawa główna została wydłużona i zakończona półkolistą absydą. Przebudowano chór. Dobudowano od strony północnej zakrystię, wcześniej znajdowała się po stronie zachodniej. Nad wejściem umieszczono płaskorzeźbę św. Sebastiana przebitego strzałami - wykonaną przez rzeźbiarza Kurta Spribille. W latach trzydziestych XX wieku odbywały się tu cotygodniowe msze dla uczniów Gimnazjum Katolickiego. To właśnie w tym kościele odbyła się w 1945 pierwsza masza święta w zdobytym Opolu. Obecnie kościół słynie z tego, że w niedzielę odprawiana jest tu msza w języku niemieckim a o 18:30 po łacinie. Tak zwana msza trydencka.
