Muzeum Borów Tucholskich zostało udostępnione zwiedzającym 27 września 1980 r. jako Oddział Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy. Na siedzibę muzeum przeznaczono budynek z przełomu XIX/XX wieku, zlokalizowany przy zbiegu ulic Podgórnej i Murowej, który swoją architekturą nawiązuje do dawnych spichlerzy. Jest to obiekt murowany, o stropach drewnianych, belkowanych. W przeszłości pełnił on różnorodne funkcje gospodarcze: magazynowano w nim zboża, rozlewano piwo, produkowano lody i skupowano zioła. Remont i adaptacja obiektu trwały od 1976 r. do 1980 r. Po ich zakończeniu przekazano go na rzecz Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy w nieodpłatne użytkowanie na okres 12 lat. Budynek posiada 4 kondygnacje – trzy z nich przystosowano do celów wystawowych. W pierwszym roku funkcjonowania Muzeum zwiedziło 2751 osób. Obecnie liczba zwiedzających dochodzi do prawie 9000 rocznie. W latach 1992-2001 Muzeum zarządzane było przez Tucholski Park Krajobrazowy, natomiast przez ostatnie dziesięć lat opiekę nad Muzeum Borów Tucholskich sprawuje Starostwo Powiatowe w Tucholi. Okres ten upłynął pod znakiem sukcesywnej modernizacji budynku i unowocześnienia go zgodnie z potrzebami zwiedzających.