Kościół rzymsko-katolicki we wsi Bohnsack o nieznanym wezwaniu mógł istnieć już prawdopodobnie w XVI wieku, przejęty następnie przez luteranów. Od 1590 roku wymienia się luterańskich kaznodziejów, którzy posługiwali tu w pojedynkę.

Zbór luterański początkowo skromnych rozmiarów, w XVII wieku kilkakrotnie był przebudowywany. Była to budowla o konstrukcji szachulcowej, sześcioosiowa, na rzucie prostokąta, kryta dachem dwuspadowym, tzw. karpiówką. W latach 1683–1687, za czasów kaznodziei Petera Rechoviusa, kościół przebudowano w stylu barokowym, dodając mu wieżę. W roku 1745 wzniesiono od południa kaplicę, a w nawie głównej pojawił się nowy ołtarz (1741) oraz ambona (1771). W 1778 roku na wieży umieszczono zegar (za 800 florenów). 17 stycznia 1818 roku gwałtowny huragan uszkodził świątynię, którą odbudowano z końcem 1823 roku. Po uszkodzeniach w 1840 (powódź) nastąpiła renowacja w 1845 r., a kolejna przebudowa miała miejsce w 1934.

Ewangelicka parafia na tzw. Mierzei (Nehrung) do 1793 podlegała gdańskiemu Ministerium Duchownemu, następnie funkcjonowała w ramach osobnej superintendentury (o takiej samej nazwie: Nehrung).

Podczas walk w roku 1945 zbór częściowo rozebrano (materiał zużyto na budowę schronów dla Wehrmachtu), częściowo uległ zniszczeniu na skutek ostrzału artyleryjskiego (wieża, kruchta, dachy, chór, galerie, okna i drzwi). Gmina ewangelicka działała do 1946, tj. do wysiedlenia ludności niemieckiej z terenu gminy Świbno.

Kościół w lipcu 1946 oddano do dyspozycji zgromadzeniu zakonnemu saletynów, w styczniu 1947 erygowano tu kierowaną przez zakonników parafię rzymsko-katolicką pw. Matki Boskiej Saletyńskiej, obejmującą nie tylko całą Wyspę Sobieszewską, ale także wsie Żuław Gdańskich: Trzcinowo, Wiślinkę, Bogatkę i Pleniewo. W latach 1946–1947 świątynia została częściowo wyremontowana i odbudowana. Zrezygnowano jedynie z rekosntrukcji wieży, którą zastąpiła mała czworoboczna drewniana sygnaturka z krzyżem pośrodku dachu. Kościół konsekrowano 5 X 1947, w setną rocznicę objawień w La Salette. W 1948 roku ustanowiono kaplicę filialną w Świbnie pod wezwaniem św. Wojciecha. W roku 1961 sprowadzono i umieszczono we wnętrzu świątyni figurę Matki Boskiej Płaczącej (czyli Saletyńskiej – najstarsza w Polsce, wykonana w 1926, do Gdańska przywieziona z klasztoru macierzystego w Krakowie), rychło otoczoną kultem. W 1981, po wydzieleniu osobnej parafii w Świbnie, przy kościele sobieszewskim pozostała tylko zachodnia część wyspy oraz tereny na Żuławach.

22 II 1986 doszło do pożaru, w wyniku którego poewangelicki kościół uległ całkowitej zagładzie, udało się zeń wynieść niektóre elementy wyposażenia, w tym wyżej wymienioną figurę Matki Boskiej Płaczącej. Ocalała natomiast plebania (osobno stojąca na północny zachód od starego kościoła), na której dziedzińcu przez pół roku odbywały się msze. Kaplicę zastępczą udostępniono już w sierpniu 1986.

Kościół wzniesiony od podstaw w latach 1988–1995, po zniszczeniu poprzedniego w pożarze (1986), według projektu Leopolda i Antoniego Taraszkiewiczów. Nowa świątynia od strony wschodniej (prezbiterium i zakrystii) została połączona z plebanią, a kaplica zastępcza została zaadaptowana na Dom Pielgrzyma. W 1997 abp Tadeusz Gocłowski poświęcił kaplicę Matki Boskiej Płaczącej w nawie bocznej kościoła, w 2003 ustanowił tu archidiecezjalne Sanktuarium Matki Boskiej Saletyńskiej, a w 2007, w asyście kilku innych biskupów, dokonał uroczystej koronacji figury.

Kościół na planie prostokąta, murowany, z nawami bocznymi. Nad wejściem wieżyczka nawiązująca kształtem do tej zniszczonej w 1945. Prezbiterium ozdobione jedynie prostym drewnianym krzyżem; z prawej strony, w południowej nawie kaplica Matki Boskiej Płaczącej, w nawie przeciwległej kaplica Miłosierdzia Bożego ze stałą adoracją Najświętszego Sakramentu. Przy parafii, w dalszym ciągu kierowanej przez saletynów, działają liczne organizacje i stowarzyszenia katolickie. Na jej terenie funkcjonują też inne zgromadzenia zakonne, w tym od roku 1946 franciszkanki służebnice krzyża oraz od 1991 pallotynki.