Wybudowany został w 1911r. jako garnizonowa cerkiew prawosławna p.w. Przemienienia Pańskiego. Świątynia w 1918r. przekazana została kościołowi katolickiemu i przebudowana dla potrzeb duszpasterstwa wojskowego, pełniąc funkcję kościoła garnizonowego. Niewykluczone, że właśnie wtedy otrzymała wezwanie św. Michała Archanioła. W czasie II wojny światowej mieścił się w niej niemiecki magazyn materiałów sanitarnych. Po wojnie, do 1948r., ponownie był tu kościół garnizonowy. Prawne przejęcie kościoła przez parafię kolegiacką nastąpiło w 1957r., choć już wcześniej księża odprawiali nabożeństwa dla okolicznych mieszkańców. W 1961r. ks. bp Piotr Kałwa podniósł kościół do rangi rektoratu. Jego opiekunem wyznaczony został ksiądz Eugeniusz Goliński, który od maja tegoż roku pełnił funkcję rektora kościoła św. Michała Archanioła. Pełne duszpasterstwo parafialne ustanowiono przy kościele 1 września 1974 r. Parafia pod wezwaniem św. Michała Archanioła erygowana została dekretem biskupa lubelskiego Bolesława Pylaka z 12 kwietnia 1979 r., jako trzecia wówczas parafia w Zamościu.

Projektantem świątyni był architekt Tom, autor typowego projektu rządowego cerkwi. Jej podobne powstały w Hrubieszowie, Chełmie, Dubience i Puławach. Świątynia była budowlą murowaną, jednonawową, założoną na wydłużonym planie. Od wschodu do nawy przylegało prezbiterium z dobudowaną absydą i dwie zakrystie po obu stronach. Oprócz wejścia głównego w zachodniej elewacji, na poprzecznej osi znajdowały się dwa wejścia boczne, wysunięte małymi kruchtami na zewnątrz, co sugerował w planie rysunek krzyża. Podobną kruchtę posiadało wejście główne. Nad prezbiterium znajdowała się duża kopuła na ośmiobocznej wieży. Dwie małe kopułki oraz wieża były także nad kruchtą. Wieża nad kruchtą miała zmienny przekrój - do wysokości kalenicy kwadrat, powyżej ośmiobok. Na elewacji frontowej oraz bocznych znajdowały się attyki. Ściany zewnętrzne budowli pokrywała okładzina z ceramicznych płytek, imitujących cegłę, a w przyziemiu cokół kamienny o fakturze rustyki. Na elewacjach umieszczono: gzyms, fryz kopertowy, portale drzwi wejściowych z łęków uskokowych na kolumnach, obramienia okien z łęków wspartych na gzymsie i półkolumnach, półkoliste tympanony i maswerki, tonda wykonane z białej, profilowanej cegły. Dekoracje te oraz ceglane elewacje nadawały budowli surowy wyraz.

W latach międzywojennych usunięto ze świątyni wieżę z cerkiewną kopułą znad prezbiterium, dwie kopułki znad kruchty oraz attyki. Miejsce wieży z kopułą zajęła sygnaturka.



Danuta Kawałko