Wybuch składu amunicji w Witkowicach (wówczas pod Krakowem) był już kolejnym tego rodzaju zdarzeniem. Miał miejsce w niedzielę 5 czerwca 1927, na terenie prochowni użytkowanej przez Wojsko Polskie. Przyczyną mogła być eksplozja amunicji saperskiej, prochu bezdymnego i kwasu pikrynowego, spowodowana przez rozkład prochu bezdymnego pod wpływem temperatury i działania powietrza w następstwie trwających od kilku dni upałów, albo  na skutek cichego wyładowania elektrycznego podczas burzy. Skutki eksplozji były również odczuwalne w sąsiadującej wsi Zielonki. Pierwsza eksplozja miała miejsce w magazynie z amunicją saperską. Po czym pożar objął beczki z kwasem pikrynowym, zgromadzone w drugim magazynie, które eksplodowały.

Śmierć na miejscu katastrofy poniósł wartownik - kanonier Józef Wawro, a ciężkich obrażeń ciała doznał dowódca warty, kapral Jan Nierząd.  Kilku żołnierzy, którzy z narażeniem życia zdołali usunąć część beczek z kwasem pikrynowym, odniosło lżejsze obrażenia. Ogólna liczba rannych wyniosła 486 osób, z których 130 opatrzono, a 356 hospitalizowano, w tym 115 dzieci. Ciężkich obrażeń ciała doznało 35 osób, w tym 12 dzieci. Większość poszkodowanych odniosła obrażenia oczu od odłamków szklanych. Poszukiwano również 80 dzieci z zakładu chorych na jaglicę w Witkowicach, które rozbiegły się po okolicy. W czasie katastrofy przebywało tam na leczeniu 400 dziewcząt. 

Eksplozja wywołała panikę wśród mieszkańców Krakowa, w szczególności wśród wiernych zgromadzonych w świątyniach na świątecznych nabożeństwach. Panice towarzyszyły pogłoski o trzęsieniu ziemi. W okolicznych miejscowościach ludność wraz z dobytkiem w pierwszej chwili schroniła się na polach.

Fragment informacji prasowej z "Czas" 1927-06-08:

"...między innymi poważne uszkodzenia doznała wspaniała świątynia OO. Franciszkanów, gdzie wytłoczone  zostały 2 duże okna, w budynku zaś klasztornym około 20 okien. W kościele Św. Anny zostało wgniecionych z ramami 7 okien, również wyleciały szyby w skarbcu. W katedrze wawelskiej wyleciały szyby obok zakrystii i przy głównem wejściu, także w kaplicy biskupa Tomickiego wyleciała krata okienna; w zamku królewskim wyleciało stosunkowo niewiele szyb, gdyż szkoda zaledwie wynosi kilkadziesiąt złotych. W koszarach P.P. przy ul. Siemiradzkiego w kilku kancelarjach uszkodzone zostały poważnie stropy. W kościele XX. Misjonarzy na Kleparzu zostały wybite witraże i prawie wszystkie okna w budynku. W kościele OO. Dominikanów wybuch spowodował znaczniejsze szkody, niszcząc i uszkadzając ogółem 7 okien, w tem jeden witraż w kaplicy hr. Przeździeckich, przedstawiający św. Jacka Odrowąża, pochodzący z XVIII w... ".