Po powstaniu listopadowym rozporządzeniem carskim zlikwidowano unię kościelną na ziemiach litewskich i białoruskich; klasztory bazyliańskie zlikwidowano lub przekształcono w monastery prawosławne. Unicki klasztor w Berezweczu został zamieniony na prawosławny monaster, a kościół na cerkiew prawosławną. Monaster męski funkcjonował do 1874 r., a potem nastąpiła przerwa. Natomiast w latach 1901–1919 w dawnym klasztorze bazyliańskim działał żeński klaszto prawosławny.

W okresie dwudziestolecia międzywojennego ten dawny kościół unicki zamieniono na rzymskokatolicki, a w zabudowaniach klasztornych stacjonował Korpus Ochrony Pogranicza.

W 1939 r. z dzwonnicy klasztoru nacierającą Armię Czerwoną przez jakiś czas powstrzymywał ogień z polskiego karabinu maszynowego. Władze radzieckie zorganizowały w klasztorze więzienie NKWD, jedno z największych na ziemiach zajętych przez ZSRR. Więziono tu Polaków a także obywateli państw nadbałtyckich. W trakcie likwidacji więzienia w czerwcu 1941, zamordowano tu ok. 800 Polaków (zobacz Droga śmierci Berezwecz-Taklinowo).

W czasie okupacji niemieckiej (1941–1944) w klasztorze dalej mieściło się więzienie i obóz dla jeńców radzieckich. Zginęły tysiące ludzi.

2 kwietnia 1949 Połocki obwodowy komitet wykonawczy podjął decyzję o rozbiórce rzekomo awaryjnego budynku kościoła na cegłę, co wkrótce było dokonane. W istniejącym nadal, dwukondygnacyjnym budynku klasztornym do dziś mieści się więzienie. Cechy stylowe budynku zostały zatarte.