Już w XIV w. dokumenty wspominały o istnieniu w Krajence kościoła podległego parafii w Złotowie. Według XVII-wiecznych przekazów kościół parafialny pod wezwaniem św. Mikołaja powstał w Krajence równocześnie z nadaniem jej w 1420 r. praw miejskich. Wzniesiono go na południowy zachód od rynku nieopodal zamku, od którego oddzielała go fosa. W 1511 r. wspominano o drewnianym kościele. Podczas wizytacji z 1653 r. odnotowano z kolei, że wymaga on naprawy, a po pięciu kolejnych latach bezużyteczności, nie nadawał się już nawet do remontu. Wówczas Andrzej Karol Grudziński jako właściciel Krajenki, wystawił nowy kościół, który w 1688 r. spłonął.
W sąsiedztwie zamku znajdowała się także kaplica św. Anny. Przy kaplicy, po wspomnianym pożarze, ówczesny proboszcz wystawił tymczasową plebanię, lecz dla potrzeb liturgicznych korzystał z kaplicy św. Katarzyny usytuowanej po południowej stronie rzeki Glomii.
Kolejną świątynię parafialną wybudowano w latach 1679-1709, lecz i ta w 1766 r. popadła w ruinę. Wówczas księżna Anna Sulkowska, władająca Krajenką, w 1774 r. przekazała do adaptacji na Dom Boży gotycko-renesansowe skrzydło zachodnie XV w. zamku. Wyburzono w nim wszystkie ściany działowe i stropy, powiększono jedne a zamurowano inne otwory okienne, a także dobudowano kruchtę wschodnią i zakrystię. Ponadto we wnętrzu zrobiono pilastry i groty, ambonę, chór organowy oraz żaglaste sklepienia nad kaplicą usytuowaną w przyziemu i części piętra wieży - po poprzednim usunięciu ściany oddzielającej ja od bryły głównej zamku. Nad nowo powstałą nawą wykonano także drewniane, żaglaste sklepienia pozorne. We wnętrzu wystawiono późnobarokowe wyposażenie. Zamienione na kościół skrzydło zamkowe jest założone na planie nieregularnego prostokąta. Od zachodu przylega do niego wieża na rzucie kwadratu lecz powyżej gzymsu nawy przechodzi w ośmiobok. Wieńczy ją pokryty blachą hełm o kształcie cebulastym osadzony na ażurowej latarni.
Na iglicy umieszczono chorągiewkę z datą 1774. Poświecenia kościoła w tymże roku dokonał ks. kan. Franciszek Ciżmowski.
Podczas badań archeologicznych rozpoczętych w 2003 r. odkryto m.in. relikty wschodniego skrzydła zamku oraz ceglaną konstrukcję na rzucie ośmioboku, usytuowaną pośrodku wschodniej elewacji skrzydła zachodniego. Dzięki niedawno przeprowadzonym gruntownym pracom konserwatorskim kościół i jego wnętrze nabrało nowego blasku.

Źródło-tablica informacyjna przy kościele.