Kościół wybudowano w XVII i XVIII wieku, fundatorem klasztoru był Władysław IV Waza, a obecnego kościoła Michał Korybut Wiśniowiecki oraz Jan Kazimierz Brzeziński. Kameduli zajmowali kościół do 1904 roku, potem w ich miejscu pojawili się marianie. Obecnie działa tutaj parafia bł. Edwarda Detkensa, a okoliczne zabudowania należą do Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego.Podczas II wojny światowej kościół nie uległ zniszczeniu. W 1965 roku kościół został wpisany do rejestru zabytków, wraz z trzynastoma eremami kamedulskimi, budynkami podklasztornymi, grobem Staszica i obudową źródła.