Pierwszy dworzec powstał prawdopodobnie wraz z otwarciem pierwszego odcinka kolei, a był to odcinek Dęblin-Łuków oddany w 1876 roku. W 1885 roku gdy uruchomiono Kolej Iwangorodzko-Dąbrowską powstał w Dęblinie osobny dworzec tej spółki, nie wiadomo dokładnie gdzie się znajdował, być może w tym samym miejscu, po sąsiedzku. Obecnie istniejące budynki dworcowe są późniejsze. Tak naprawdę dworzec dębliński to dwa odrębne budynki o różnej historii i być może to pamiątka po dwóch dworcach róznych spółek kolejowych? Współczesne budynki dworcowe powstały już po upaństwowieniu i połączeniu obu spółek kolejowych w Koleje Nadwiślańskie co nastąpiło w 1897 roku. Murowany budynek, w którym obecnie znajdują się kasy, powstał w 1900 roku. Jego kształt pozostał praktycznie nie zmieniony przez ponad 100 lat. Zmian związanych z wejściem do budynku dokonano dopiero podczas ostatniego remontu. Drewniany budynek dworca powstał ćwierć wieku póżniej, choć mozliwe, że zastąpił on budynek wcześniejszy. Drewniany dworzec wybudowano w 1924 roku i to on pełnił wówczas funkcję własciwego dworca obsługującego pasażerów. Miesciły się tu kasy, poczekalnia, bar dworcowy, kiosk z prasą. Murowany budynek służył wówczas za pomieszczenia służbowe załogi obsługującej ruch na stacji. W latach 2003-2005 przeprowadzono generalny remont dworca, podczas którego połączono obydwa budynki. Znacznie zmienino układ i pierwotną funkcję wnętrz oraz rozmieszczenie wejść. Zlikwidowano wejście do budynku murowanego od strony peronu, dobudowując przedsionek przy ścianie szczytowej.