Pierwotnie kościół farny. Jeden z najwyższych obiektów sakralnych w Polsce (wysokość wieży ok. 100m).

Początki kościoła sięgają poł. XIII wieku, kiedy powstało prostokątne prezbiterium i 5 przęseł korpusu. Przez dwa stulecia kościół był stopniowo rozbudowywany z dwukrotną zmianą programu przestrzennego (pierwotnie bezwieżowa hala po dobudowaniu wieży i podwyższeniu nawy głównej stała się bazyliką, a po podwyższeniu naw bocznych ponownie halą). W 1777 (26 kwietnia) w wieżę kościoła trafił piorun, powodując pożar, który zniszczył dach i uszkodził sklepienia. Po pożarze założono barokowe sklepienia żaglaste, a dopiero w 1907 dokonano rekonstrukcji wieży (o wys. 96 m.) i hełmu. W 1945 poważnie zniszczony, odbudowa ukończona w 1965. Do najcenniejszych elementów wyposażenia wnętrza należą: gotycka chrzcielnica z brązu z 1387 wykonana przez mistrza Bernhausera, drewniane figury apostołów, wielka gotycka rzeźba św. Mikołaja oraz późnogotyckie ołtarze przeniesione z innych kościołów Elbląga (ołtarze Trzech Króli, słodowników, NMP, flisaków). Od 25 marca 1992 katedra diecezji elbląskiej.

Źródło:

Układ urbanistyczny Starego Miasta z XIII wieku wpisany do rejestru zabytków nr rej.: 77/1/59 z 27.06.1959.