Pierwszą synagogę zbudowano około 1700 r. W 1799 r. wybudowano drugą. Nowa synagoga wtopiona była w otaczające ją małe budynki zamieszkiwane przez biedotę żydowską. Około 1880 r. synagogę przebudowano. Był to budynek na planie prostokąta, dwukondygnacyjny, nakryty dwuspadowym dachem. Podłużne okna synagogi na piętrze zwieńczone były łukiem (tzw. Rundbogenstil) Synagoga służyła miejscowej społeczności żydowskiej do 1927 r. W tym roku Alex Neumann, ostatni przewodniczący babimojskiej gminy, odsprzedał ją miejscowej gminie ewangelickiej. W warunkach sprzedaży Neumann zastrzegł, że budynek może służyć tylko do celów sakralnych, a ewangelicy nie mogą odsprzedać go dalej. Sprzęty liturgiczne, będące na wyposażeniu synagogi, przekazano zrzeszeniu pruskich gmin żydowskich w Berlinie, prosząc jednocześnie o zgodę, aby pieniądze uzyskane ze sprzedaży synagogi przeznaczyć na naprawę muru i utrzymania cmentarza żydowskiego w Babimoście.Dzięki tej transakcji budynek synagogi nie został zniszczony w czasie Nocy Kryształowej (9/10 XI 1938) i przetrwał do dziś. W latach 60-tych XX w. budynek został przebudowany. Przez długi czas służył jako dom kultury. Obecnie mieści się w nim firma handlująca armaturą sanitarną . Za