Decyzją Himmlera na początku 1942 r. KL Auschwitz II Birkenau wyznaczono dodatkową rolę związaną z eksterminacją deportowanych z Niemiec Żydów. Tym sposobem miejsce to stało się na obszarze 140 ha największym światowym cmentarzem żydowskim.
Wiosną 1942 r. ruszyła niemiecka „maszyna do zabijania” w Auschwitz II i rozpoczęto „totalną” eksterminację przywiezionych więźniów. Od samego początku obóz podporządkowany był administracji obozu macierzystego Auschwitz I. W listopadzie 1943 r. uzyskał jednak znaczną autonomię jako obóz samodzielny, co spowodowało zwiększenie administracji, a co za tym idzie - konieczność utworzenia odrębnego budynku komendantury. Rozpoczęto budowę, której nie zdążono dokończyć, ponieważ zbliżający się front oraz nadciągające wojska radzieckie wpłynęły na zmianę decyzji w kierunku istotniejszych celów, jakimi było ukrycie dotychczas popełnionych zbrodni na więźniach.
Budowla pozostała niedokończona do wyzwolenia. W okresie powojennym wykorzystywana do celów doraźnych ulegała systematycznej dewastacji. W 1982 r. przekazano ją na cele Parafii Matki Bożej Królowej Polski w Brzezince, urządzając kościół katolicki i ośrodek rekolekcyjny, które tam obecnie funkcjonują./mater.własny