Trudno ustalić, kiedy został wybudowany obecny kościół. Może to być druga połowa XIX w., a może początek XX w. Jedno jest pewne, że inne miał przeznaczenie przed rokiem 1924. Należał do zabudowań wojskowych armii pruskiej - konnicy. Po pierwszej wojnie światowej zabudowania te zostały przydzielone państwu polskiemu. Wobec napływu Polaków do Wolnego Miasta Gdańska zrodził się problem powstania świątyni - kościoła, w którym Polacy czuliby się gospodarzami. Pusty budynek hali z przyległym domem oddano do dyspozycji katolików polskich. Utworzenie ośrodka duszpasterskiego powierzono kapłanowi diecezji gdańskiej, Polakowi ks. Bronisławowi Komorowskiemu. Od 1924 r. rozpoczęło się adaptowanie dotychczasowej hali na świątynię i sprawowanie kultu Bożego. W okresie przedwojennym wybudowano wieżę, chór, wyposażono w organy, ołtarz główny i dwa boczne. Wyposażono we wszystko, aby godnie był sprawowany kult Boży. Już w 10 rocznicę otwarcia odbyła się w 1934 r. konsekracja kościoła, której dokonał biskup gdański ks.dr Edward O'Rourke.

7 października 1937 r. Biskup Gdański przygotował dekrety o utworzeniu dwóch parafii personalnych w Wolnym Mieście Gdańsku. M.in. przy kościele Św. Stanisława B.M., których realizację musiał zatrzymać. Wczesnym rankiem 1 września 1939 r. aresztowano ks. Bronisława Komorowskiego. Razem z innymi Polakami poprzez Victoria Schule trafił do obozu koncentracyjnego w Sztutowie.

Kościół zamieniono na halę samochodową - wojskową. Część wyposażenia kościoła i plebani zniszczono, część rozdzielono do innych kościołów. Przy likwidacji wyposażenia miał być obecny ówczesny dziekan, proboszcz Gwiazdy Morza w Sopocie ks. Paweł Schütz.

W parafii Gwiazdy Morza przechowały się m.in.: komplet szat liturgicznych koloru złotego, który został zakupiony na prymicje ks. dra Antoniego Liedtke z Pelplina, figura św. Antoniego, Matki Bożej, relikwiarz bł. Bronisławy oraz marmurowa tablica pamiątkowa. To wszystko po roku 1972 wróciło do kościoła św. Stanisława. Naczynia liturgiczne, które zostały przekazane do któregoś z kościołów, nigdy już się nie odnalazły.



Po zakończeniu wojny

Po 1945 r. stan się nie zmienił. Najpierw kościół był zajęty przez wojsko. Po przybyciu w 1956 r. ks.bpa Edmunda Nowickiego rozpoczęto starania o odzyskanie kościoła. Ks. bp Nowicki proponował władzom komunistycznym zamianę kościoła św. Piotra i Pawła na kościół św. Stanisława. Bowiem kościół św. Piotra i Pawła był kościołem garnizonowym, a teren z kościołem św. Stanisława należał do wojska. Odrzucono tę propozycję.

Po opuszczeniu przez wojsko, obiekt oddano Gdańskiemu Przedsiębiorstwu Transportu Budownictwa (GPTB) na bazę samochodową. O zwrot kościoła starały się po roku 1956, w czasie "odwilży popaździernikowej" organizacje społeczne (m.in. Walny Zjazd Wychowanków Gimnazjum Polskiego w W.M.G.) oraz członkowie byłej Polonii w Wolnym Mieście .

Aby przyspieszyć oddanie kościoła św. Stanisława B.M. na cele sakralne ks. bp Edmund Nowicki wyznaczył do tej pracy ks. Andrzeja Rurarza. Miał on za zadanie nawiązać kontakt z byłymi mieszkańcami Wolnego Miasta Gdańska. Ludzie świeccy pod kierunkiem ks. Andrzeja Rurarza pisali petycje, zbierali podpisy, chodzili do władz.

Spokój, dyplomacja ks. bpa Nowickiego poparta staraniami mieszkańców z czasów byłego Wolnego Miasta oraz wypadki grudniowe na Wybrzeżu sprawiły, że decyzją WRN w Gdańsku, podpisaną przez ówczesnego przewodniczącego Tadeusza Bejma w dniu 17.02.1971 - postanowiono oddać kościół na cele sakralne.