Placówka mieści się w odrestaurowanym zabytkowym budynku rektyfikacji spirytusu z 1897. Był to główny budynek produkcyjny kompleksu. Składa się z trzech części: hali rektyfikacji, korpusu głównego i parterowej hali. Na elewacji frontowej zachował się napis Rektyfikacja Spirytusu 1897–1970. Pomieszczenia zostały wydzierżawione przez właścicieli Centrum Praskiego Koneser na cele muzealne Fundacji „Polska Wódka”.
Projekt architektoniczny muzeum został wyłoniony w listopadzie 2014 roku w otwartym konkursie. Multimedialną ekspozycję zaprojektował Mirosław Nizio. Logo muzeum stworzył Andrzej Pągowski. Powstanie placówki wspierała spółka Pernod Ricard.
Placówka prezentuje m.in. rozwój sposobów wytwarzania alkoholu na przestrzeni wieków, współczesne metody produkcji oraz kolekcję butelek do przechowywania wódki.
Muzeum zostało otwarte dla zwiedzających 12 czerwca 2018. Jest jednym z dwóch muzeów w Warszawie o tej tematyce (drugim jest Muzeum Wódki).