Pałac Jerzmanowskich wznosi się na obszarze średniowiecznego centralnego placu Prokocimia, tzw. Nawsia, gdzie aż do połowy XVIII w. wznosił się folwarczny browar. Pierwsza rezydencja dziedzica dóbr została w tym miejscu wzniesiona w latach 40. XVIII w. przez dzierżawcę, późniejszego dziedzica majątku, księdza Michała Wodzickiego. Rezydencja ks. Wodzickiego była parterowym, krytym gontem typowym staropolskim dworem, zbudowanym w konstrukcji szachulcowej z tzw. „muru pruskiego", na podmurówce z kamienia ciosowego.
Dwór księdza Wodzickiego stał przynajmniej do lat 70. XVIII w. Bratanek ks. Michała, Eliasz Wodzicki, w latach 1777-1781 wznosi na miejscu opisanego dworu nowy, murowany dwór, zwany niekiedy pałacem. Dwór ten był również parterowy, zapewne z piętrową częścią środkową, poprzedzoną gankiem wejściowym wspartym na przynajmniej dwu masywnych kolumnach. W tym właśnie dworze w 1813 r. gościł u syna Eliasza, hrabiego Józefa Wodzickiego, książę Józef Poniatowski. Na temat rozkładu pomieszczeń oraz wewnętrznego wyposażenia dworu Eliasza Wodzickiego nie można nic pewnego powiedzieć. Kolejna przebudowa dworu dokonana została na polecenie wspomnianego już hrabiego Józefa Wodzickiego w latach 20. XIX w., zapewne wg projektu znanego podówczas architekta, Piotra Aignera. Częściowo na fundamentach dworu Eliasza Wodzickiego wzniesiono zachowany do dzisiaj budynek pałacu, którego dominantą stał się ośmioboczny, narożny ryzalit, z salą jadalną na parterze oraz z salą balową na piętrze, zwieńczony ostrosłupowym dachem. Ściany sali balowej ozdobiono malowidłami o motywach architektonicznych i roślinnych. Elewacje przebudowanego pałacu, a zwłaszcza wspomnianego ryzalitu, zwanego niekiedy rotundą, zachowują do dzisiaj elementy klasycyzmu z początków XIX w. Ostatniej przebudowy pałacu dokonano w latach 1891-1895 na polecenie hr. Józefa Grodzickiego, wg projektu znanego architekta, Karola Knaussa. Ośmioboczny ryzalit podwyższono o okrągły tambur, na którym wsparto zwieńczoną koroną kopułę, krytą łupkowymi płytkami. Budynek pałacu przedłużono ku południowi - na południowej elewacji tej części umieszczono zachowaną do dzisiaj datę ukończenia przebudowy. W miejsce neogotyckiego szczytu w elewacji północnej wzniesiono szczyt neobarokowy z eliptycznym okienkiem. Również neobarokowym szczytem ozdobiono ryzalit wejściowy, samo wejście nakrywając secesyjnym żeliwno-szklanym zadaszeniem. Od wschodu dobudowano otoczoną ozdobną balustradą werandę ze wspartym na sześciu kolumnach tarasem na piętrze. Zachowano natomiast, a nawet powtórzono w części dobudowanej, boniowane elewacje parteru budowli. Zmieniono również wystrój malarski wnętrza sali balowej, pokrywając jej ściany i sufit motywem draperii, a nad otworami wejściowymi malując figuralne, historyzujące supraporty. Sala ta, po wstawieniu nowego kominka, otrzymała nazwę "sali kominkowej". Już za rządów Erazma Jerzmanowskiego, po 1895 r., pałac został wyposażony w nowoczesne wówczas instalacje - elektryczność, centralne ogrzewanie i kanalizację.
W XX w. pałac był początkowo siedzibą szkoły, w czasie I wojny światowej pełnił funkcje rezydencji generała sztabu południowego Twierdzy Kraków, w okresie międzywojennym wynajmowano go różnym osobom. W okresie okupacji hitlerowskiej pałac był siedzibą komendanta organizacji Baudienst, natomiast od lipca 1944 r. stacjonowało w nim dowództwo niemieckiej dywizji pancernej. Po wojnie, aż do 1947 r., w pałacu mieściło się gimnazjum augustiańskie. Od końca lat 40. aż do końca XX w. w pałacu znajdował się dom dziecka, co spowodowało jego postępującą dewastację - m.in. zamalowano ściany w „sali kominkowej", zamurowano werandę ogrodową. Od kilku lat trwa odnowa pałacu, prowadzona przez oo. Augustianów, której celem jest przywrócenie budynkowi dawnej świetności.
Na podst. prokocim.augustianie.info