Nowy Instytut Anatomii Patologicznej został wybudowany w latach 1890-1892 przy Robert-Koch-Strasse (obecna ul. Marcinkowskiego) jako część nowego kompleksu instytutów i klinik uniwersyteckich na Szczytnikach.
Został zaprojektowany przez Josepha Waldhausena wg wskazówek ówczesnego dyrektora Instytutu – Emila Ponfika.
Nowością, która napawała dumą autorów było oddzielenie bloku sekcyjnego od głównej części Instytutu i połączenie ich tylko niskim parterowym korytarzem.
Większy budynek zwrócony był do starej Odry (Hobrecht Ufer, dziś ul. Pasteura) i służył wyłączne do badań naukowych oraz zajęć praktycznych dla studentów. Budynek otrzymał w piwnicy pomieszczenia do przeprowadzania eksperymentów na zwierzętach, do fotodokumentacji i do przechowywania zbiorów preparatów anatomopatologicznych. Na parterze ulokowano salę wykładową dla 80 studentów i pracownie pracowników naukowych. Ponadto ulokowano tu bibliotekę i oddział chemiczno-bakteriologiczny. Pierwsze piętro było przeznaczone na sale ćwiczeń i audytorium do badań mikroskopowych.
Drugi, mniejszy budynek był przeznaczony do przeprowadzanie sekcji zwłok, z amfiteatralnym układem widowni dla ok. 100 studentów. Każdy z nich mógł z każdego miejsca śledzić przebieg sekcji. Na parterze znajduje się do dziś kaplica pogrzebowa.
Uroczyste otwarcie nowego Instytutu Anatomii Patologicznej nastąpiło 3 listopada 1892 roku.
W 1930 roku nastąpiła rozbudowa Instytutu. Uzupełniono wolną przestrzeń pomiędzy budynkami. Nad łącznikiem dobudowano piętro mieszczące dodatkową salę sekcyjną. W latach 1935-1938 dokonano dalszej rozbudowy podwyższają blok sekcyjny o dwa piętra. Na najwyższym piętrze umieszczono zwierzętarnię doświadczalną z tarasem służącym jako wybieg dla zwierząt. Ponadto do sali wykładowej dobudowano garderobę i urządzenia sanitarne dla studentów oraz ścięto oszkloną kopułę z krzyżem nad salą sekcyjną i kaplicą.