Założony w 1925 z inicjatywy zielonogórskiego Miejskiego Towarzystwa Kultury Rolnej. Razem z dwuhektarowym Ogrodem powstał wówczas spory park rekreacyjny i miejska winnica. Ogród zielonogórski powstał w oparciu o projekt inspektora Rickhebena, wcześniejszego kierownika Ogrodu Botanicznego we Wrocławiu.

Po zakończeniu II wojny światowej wszystkie założenia ogrodowe i parkowe zostały całkowicie zaniedbane na ponad sześć dziesięcioleci, została tylko nazwa ulicy, przy której mieścił się ogród: Botaniczna. Dopiero w roku 2006 rozpoczęto – przy 33% udziale funduszy europejskich – odbudowę Ogrodu, na mniejszym jednak terenie niż przed wojną, bowiem w międzyczasie na części przedwojennego terytorium zbudowane zostały szkolne budynki. Pomimo to udało się odtworzyć część poprzednich założeń – oczko wodne, alpinarium (z roślinami górskimi typowymi dla Karkonoszy), podział na strefy roślinne charakterystyczne dla różnych regionów świata.

Miasto Zielona Góra po zakończeniu w 2007 roku kosztujących 6 milionów złotych prac przy odbudowie Ogrodu zarząd nad nim przekazało Uniwersytetowi Zielonogórskiemu.