Pod wieżą przykrytą kulistym hełmem znajduje się Kaplica św. Marii Magdaleny oraz boczna przy przejściu do zakrystii, nosząca wezwanie św. Antoniego.
Ponadto w zakres wyposazenia wnętrza wchodzą:
ołtarz główny, rokokowo-klasycystyczny, złożony z trzech części:
- rokokowego tabernakulum na mensie ołtarzowej, złożonego z trzech lustrzanych płyt, ozdobionych misterną ornamentyką; na jego zwieńczeniu umieszczono Ducha Świętego pod postacią gołębicy oraz wizerunki świętych Grzegorza i Augustyna
- części środkowej, będącej płaskorzeźbą stiukową przedstawiającą Zmartwychwstanie
- części górnej, w której znajduje się wizerunek Boga Ojca adorowanego przez Anioły.
ołtarze boczne
- ołtarz św. Jakuba Młodszego Apostoła
- ołtarz św. Augustyna
- ołtarz św. św. Piotra i Pawła
- ołtarz św. Jan Nepomucena
- ołtarz Matki Boskiej
- ołtarz Świętego Krzyża
- ołtarz św. Józefa
- ołtarz św. Anny
W prezbiterium znajduje się okuta miedzią płyta, zasłaniająca wejście do podziemi kościoła, gdzie znajdują się krypty grobowe, w których grzebano miejscowych zakonników, oraz system podziemnych korytarzy, łączących poszczególne budynki klasztorne i wychodzących poza obręb klasztoru.