Prezbiterium jest najstarszą częścią kościoła, ukończone zostało ok. 1480 (na Belce Tęczowej widoczna data „1482”). Według rejestru zabytków Królestwa Polskiego budowę tej najstarszej części kościoła rozpoczęto już w 1326 r. Szerokie (szersze niż główna nawa), złożone z czterech wąskich przęseł prezbiterium zamknięte jest od wschodu trzema bokami ośmioboku i nakryte ceglanym, ostrołukowym sklepieniem kolebkowym z lunetami, ozdobionym niezwykle bogatą siecią żeber. W przęsłach sklepienia zachowały się dwa czterolistne zworniki z herbami (na jednym herb Biecza, na drugim herb Odrowąż). Na czterech wspornikach żeber ozdobne tarcze; na dwóch z nich widoczne również herby Biecza i Odrowążów, na jednej z dwóch pozostałych nieznany znak - być może gmerk budowniczego.Przy wejściu do prezbiterium znajduje się XV-wieczna tęcza przedstawiająca scenę ukrzyżowania Jezusa Chrystusa. Po bokach znajdują się stalle z XVII w. Przy samym ołtarzu znajduje się pulpit muzyczny z 1633 roku, będący jedynym takim zabytkiem w Polsce oraz Europie.
Ołtarze w kaplicach:
1. rokokowy 2. pół. XVIII w., z obrazem MB z Dzieciątkiem;
2. pocz. XVII w., z płaskorzeźbami maryjnymi i obrazami ścięcia św. Jana i MB z Dzieciątkiem;
3. rokokowy 2. pół. XVIII w,, z obrazem św. Antoniego z herbem Abdank, mai. Kosecki 1686;
4. z 1616. z tarczą z herbami: Strzemię Abdank, Stary Koń i niezidentyfikowany, w nim krucyfiks z tegoż czasu;
5. neogotycki 1870, w nim obraz Ecce Homo XVII-XVIII w.;
6. barokowy 1670, w nim predella z malowidłem Pokłonu Trzech Królów.
Obrazy:
1. Chrzest Chrystusa 1. pół. XVII w.;
2. Głowa Chrystusa XVII w.;
3. MB z Dzieciątkiem XVII w.;
4. św. Sebastian wg. Gerarda Seghersa XVII w.;
5. św. Jacek XVIII w.;
6. św. Jan Nepomucen XVIII w.
7. św. Wincenty Ferreriusz 1788;
8. MB Bolesna XVIII w.
7. rokokowy 2. pół. XVIII w., z tarczą z herbami: Brochwicz, Janina, Rawicz i Półkozic oraz obrazem św. Tekli;
8. barokowy ok. pół. XVII w., w predelli obraz Ostatniej Wieczerzy. Chrzcielnica brązowa, późnogotycka XV w.
Pomniki nagrobne:
1. zapewne Piotra Sułowskiego sędziego bieckiego, renesansowy 2. pół. XVI w., z postacią rycerza i herbem Strzemię, przesunięty na obecne miejsce 1877;
2. Mikołaja Ligęzy kasztelana bieckiego i wiślickiego, starosty żydaczowskiego, renesansowy 1578, okazały z postacią rycerza i płaskorzeźbą konia oraz kartuszem z herbami Półkozic, Leliwa, Nieczuja i Sulima.
Epitafia i tablice nagrobne:
1. 1557 fundowana przez Marcina Kromera sekretarza królewskiego i kanonika warmińskiego dla swych przodków;
2. 1579 Kromerów;
3. Piotra Baria;
4. Józefa Russka (zm. 1583), mieszczanina bieckiego;
5. Wojciecha Nigritiusa doktora medycyny (zm. 1585);
6. Wawrzyńca Ditriciusa altarysty bieckiego (zm. 1591);
7. Mikołaja Ligęzy kasztelana czchowskiego, Mikołaja Ligęzy kasztelana bieckiego, wiślickiego i starosty żydaczowskiego oraz Jana dworzanina królowej, 1591.
