Kościół klasztorny ojców reformatów pw. św. Józefa Oblubieńca NMP i św. Antoniego Padewskiego znajdował się przy wylocie gościńca bielskiego z miasta. Ufundowali go Józef Franciszek Sapieha (1670-1744), podskarbi nadworny litewski (1706-1709; 1713-1744) i jego żona (od 1709) Krystyna z Branickich (ok. 1688-1761), wraz z córką Teresą (1723-1777). Okazją ku temu stała się cenna relikwia Ciernia z Korony Chrystusowej, która miała być przechowywana w tej świątyni. Razem z nią został wzniesiony klasztor Zakonu Braci Mniejszych św. Franciszka - reformatów. Zgodę na nową fundację wyraziła kapituła Prowincji Wielkopolskiej pw. św. Antoniego Padewskiego, która odbyła się w Łąkach Bratiańskich w dniu 26 sierpnia 1725 roku. W dniu 5 czerwca 1726 roku rozpoczęto budowę kościoła oraz klasztoru o dwóch kondygnacjach i trzech skrzydłach otaczających świątynię, według projektu brata zakonnego Mateusza Osieckiego (zm. 29 lipca 1741). W dniu 19 lipca 1730 roku poświęcono kamień węgielny. Budowę kościoła zakończono 28 września 1739 roku. Jego konsekracji dokonał w XV niedzielę po Zielonych Świątkach, czyli 7 września 1744 roku ks. Stanisław Rajmund Jezierski (1698-1782), biskup bakowski (1737-1782) z Mołdawii.
Z polecenia wdowy Krystyny z Branickich Sapiehy obok kościoła zbudowano w latach 1744-1746 murowaną dzwonnicę - wieżę zegarową, według projektu pułkownika Jana Henryka Klemma, architekta Jana Klemensa Branickiego z Białegostoku (1689-1771). Kolejnymi kolatorami boćkowskiej parafii były rody: Branickich i Potockich (1752).
Po Powstaniu Listopadowym we wrześniu 1832 roku rząd carski usunął zakonników do Różanegostoku i skonfiskował beneficjum. W 1902 roku klasztor przejęli prawosławni, którzy po czterech latach w 1906 roku zwrócili katolikom pomieszczenia klasztorne na górze i dole. W 1912 roku prawosławni rozebrali klasztor, a cegłę przekazali na budowę cerkwi w Andryjankach. Duże szkody wyrządzili żołnierze w dniu 30 lipca 1944 roku, niszcząc dach i wiele paramentów liturgicznych. Po ustaniu działań wojennych restaurację kościoła rozpoczął ks. kan. Jan Warpechowski (1879-1946), ówczesny proboszcz boćkowski (1909-1946).
Uwzględniając wielowiekowy kult ku czci św. Antoniego Padewskiego, ks. bp Antoni Dydycz w dniu 17 stycznia 2000 r. podniósł boćkowską świątynię do godności Sanktuarium św. Antoniego Padewskiego.
Obok kościoła znajduje się nowa, murowana plebania, której budowę rozpoczął w 1976 roku ks. Michał Sokołowski (1910-1980), ówczesny proboszcz (1946-1980), a zakończył w 1982 roku kolejny proboszcz (1980-1988) ks. Tadeusz Biały (1926-1988). Na placu kościelnym stoi również budynek parafialny odrestaurowany w latach 1966-1967, staraniem wspomnianego ks. Michała Sokołowskiego.
Naprzeciwko kościoła po drugiej stronie drogi stoi stara, drewniana plebania, wzniesiona w 1913 roku przez ks. kan. Jana Warpechowskiego (1879-1946), proboszcza boćkowskiego (1909-1946).
źródło:http://www.drohiczynska.pl/?action=parafia&id=5
