Muzeum Etnograficzne na Wawelu swoje powstanie zawdzięcza niestrudzonym wysiłkom Seweryna Udzieli. Ów pedagog, społecznik, autor licznych prac etnograficznych, członek Komisji Antropologicznej, Fizjograficznej i Etnograficznej Polskiej Akademii Umiejętności, był człowiekiem-instytucją. Na kilka lat przed formalnym powołaniem placówki tak definiował jej misję: „Muzea etnograficzne dają poznać, jakie ludy zamieszkują ten świat Boży, jak mieszkają, jak się odziewają, czem się trudnią, jakie są ich zwyczaje i obyczaje. Tutaj jedni ze zwiedzających zaspokajają ciekawość, inni uzupełniają wiedzę, inni wreszcie zasiadają do pracy i robią studya nad historyą i stanem obecnym kultury narodów”. Początkowo Udziela próbował utworzyć dział etnograficzny przy Muzeum Narodowym w Sukiennicach (1904 r.). Okazało się jednak, że w MN miejsca na zbiory etnograficzne zabrakło. Część kolekcji pozostała w depozycie, część Udziela umieścił w składziku koło kaplicy Miejskiej Szkoły Ludowej w Podgórzu oraz w swym mieszkaniu przy ul. Lwowskiej 52. I nie poddawał się.
W 1911 wraz z podzielającymi jego idee, profesorami Uniwersytetu Jagiellońskiego, Julianem Talko-Hryncewiczem i Franciszkiem Bujakiem, opracował statut i program działania placówki. Pierwszą wystawę zaprezentowano w trzech pokoikach w oficynie przy ulicy Studenckiej 12. W 1913 r. zbiory przeniesiono do budynku po dawnym seminarium św. Michała na Wawelu. Odtąd rok po roku otwierano tu kolejne sale ekspozycyjne.
Gromadzone z dużym entuzjazmem i zaangażowaniem zbiory muzeum w momencie wybuchu II wojny światowej liczyły już 30 tys. obiektów. Najazd hitlerowców zagroził wywiezieniem części kolekcji do Rzeszy. Dla jej ocalenia pracownicy dokonywali cudów ofiarności i sprytu, w decydujących momentach sprzyjały im też spory kompetencyjne w szeregach okupanta. Ostatecznie zbiory wyszły z okupacji niemal bez szwanku, stracie uległo jedynie kilkaset eksponatów.
W 1945, Towarzystwo Muzeum Etnograficznego przekazało zbiory państwu, a trzy lata później udało się uzyskać dla nich nową siedzibę w dawnym ratuszu na krakowskim Kazimierzu.
